Sejarah Singkat
Program Pascasarjana Universitas Mulawarman (PPs UNMUL) memiliki sejarah yang unik. Pada awalnya PPs UNMUL ini berupa program – program studi pascasarjana yang berada di sejumlah fakultas di Universitas Mulawarman. Sejak 2006, berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Mulawarman Nomor 257/OT/2006 tentang Pengangkatan Pengelola Program Pascasarjana Universitas Mulawarman, dan Surat Keputusan Rektor Universitas Mulawarman Nomor 248/OT/2006 tentang Struktur Organisasi Tugas Pokok Penjabat Program Pascasarjana Universitas Mulawarman, maka PPs UNMUL berada di bawah satu payung yang dipimpin oleh seorang Direktur.
Tahun 2012, Pascasarjana Universitas Mulawarman melalui Lokakarya berhasil menyusun Visi, Misi Serta Tujuan Pascasarjana berdasarkan masukan dari Stake Holder, kalangan Industri dan Organisasi Profesi. Seiring berjalannya waktu, sistem pengelolaan Pascasarjana ini menyesuaikan dengan perkembangan pengelolaan pascasarjana lain yang ada di Indonesia, di mana Pascasarjana hanya mengelola Program Magister/Doktor yang Multidisiplin sedangkan untuk yang monodisiplin dikembalikan pengelolaannya ke Fakultas tetapi Pascasarjana tetap melakukan koordinasi dalam kaitannya dengan penjaminan mutu.
Saat ini, struktur utama organisasi Program Pascasarjana diatur berdasarkan Peraturan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 9 tahun 2015, tanggal 22 April 2015, tentang Organisasi Tata Kerja Universitas Mulawarman. Program Pascasarjana dipimpin oleh seorang Direktur dan dua Wakil Direktur serta dibantu oleh Subbag Tata Usaha. Secara lebih detail struktur organisasi Program Pascasarjana tersebut dilaksanakan sesuai Keputusan Rektor No. 713, tanggal 14 April 2015, tentang Pengelola Administratif Umum Program Pascasarjana Universitas Mulawarman Tahun 2015. Program Pascasarjana melaksanakan pendidikan program magister dan program doktor untuk bidang ilmu Multidisiplin. Direktur bertanggung jawab kepada Rektor dan Wakil Direktur bertanggung jawab kepada Direktur.